Sbor byl založen v roce 1784, krátce po vyhlášení tolerančního patentu (1781). Původní sídlo bylo v sousední obci Ctiněves, odkud po dvou letech přesídlil do Krabčic. Ve Ctiněvsi, kde je dle staré pověsti pochován Praotec Čech, tak vznikl nejstarší sbor na Podřipsku. Prvním duchovním správcem byl Samuel Pauliny, rodem ze Šťavnice na Slovensku. Důvěru členů si příliš nezískal, reformě laděné společnosti farář augsburského vyznání nevyhovoval, a proto došlo už v roce 1784 k odchodu 136 rodin, které založily sbor v Ledčicích. Zbytek sboru zrušil sídlo v Ctiněvsi a přeložil je do Krabčic. Neshody uvnitř přetrvávaly a ještě téhož roku se odtrhlo dalších 809 členů, kteří v Krabčicích založili samostatný sbor kalvínský (reformovaný). Až do roku 1856 byly v Krabčicích sbory dva, poté luterský sbor přesídlil do nedalekých Libkovic. Oba sbory konaly střídavě bohoslužby ve stejných prostorách.
V roce 1790 byla v Krabčicích postavena nová toleranční modlitebna. Rychle však přestala dostačovat a byla tak roku 1885 nahrazena současným kostelem. Sbor se zdárně rozvíjel, evangelíků přibývalo a přímo z Krabčic bylo založeno několik okolních evangelických sborů (např. v Lounech, Trnovanech či Krásném Březně u Ústí nad Labem). Farář Václav Šubert zařídil při sboru opatrovnu dětí, z níž se vyvinul dnes známý krabčický diakonický ústav.
Ještě ve 30. letech 20. století čítal zdejší evangelický sbor asi 6 500 členů. Období komunistické diktatury, zejména pak násilná kolektivizace zemědělství v 50. letech sbor silně ranila. I přes dlouho nepříznivé podmínky je sbor stále živou komunitou a místem duchovních setkání.
